Lietuvos žemės ūkio ekonomikos mokslinio tyrimo institutas (LŽŪEMTI) įkurtas 1959 m. spalio 1 d. Pirmasis LŽŪEMTI vadovas buvo Vytautas Geralavičius. 1960 m. LŽŪEMTI dirbo 17 darbuotojų, 4 iš jų turėjo mokslinį laipsnį.
Remiantis Danijos konsultavimo tarnybos, turėjusios skaičiavimo centrą, pavyzdžiu, 1968 m. LŽŪEMTI įkurtas Skaičiavimo centras praktinėms žemdirbių problemoms spręsti. Jo funkcijos buvo labai panašios į dabar veikiančių Žemės ūkio konsultavimo tarnybos bei Žemės ūkio informacijos ir kaimo verslo centro.
Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas (LAEI) įkurtas 1990 m., pertvarkant LŽŪEMTI. Pirmasis LAEI vadovas – Bronius Kužulis. Skaičiavimo centras likviduotas 1992 m.
2009 m. įsigaliojus naujam Mokslo ir studijų įstatymui (Žin., 2009, Nr. 54-2140), LAEI tapo valstybiniu mokslinių tyrimų institutu., kuriame dirbo 55 darbuotojai.
2020 m. lapkričio 11 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 1260 Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas nuo 2021 m. sausio 1 d. tapo Lietuvos socialinių mokslų centro filialu – Ekonomikos ir kaimo vystymo institutu.